1930 жылы 1 қыркүйек орыс сыныптарына арналған Шынжылы бастауыш мектебі болып ашылған.1989 жылы 1 қыркүйекте аралас тілде оқитын Шынжылы орталау мектебі болып қайта құрылған .Мектепте көршілес екі ауылдың балалары қатынап оқытылды.

Өзге ұлт өкілдерінің басқа жаққа қоныс аударуына орай орыс сыныптары жабылып, таза қазақ тілінде білім беріледі.  Мектеп атауы 27.09.2022 жылы «Жетісу облысы білім басқармасының Алакөл ауданы бойынша білім бөлімі» мемлекеттік мекемесінің  «Шынжылы негізгі орта мектебі» коммуналдық мемлекеттік мекемесі болып өзгертілді.